鱼与熊掌兼得：Zotero 和 Obsidian 联动

概述

Obsidian 和 Zotero 都是深受广大用户喜爱的知识管理和文献管理软件，两者定位和侧重点不同，一方以文献见长，一方以笔记和丰富的插件生态构建自己的工作流为主。

那么能不能将文献管理和笔记工作流完美融合，做到鱼与熊掌兼得呢？

1.安装插件

Obsidian

1. Zotero Integration 安装 - 启用

Zotero

Better BibTex for Zotero

安装 - 重启 zotero

2 Zotero 设置

2.1 设置引文格式为 IEEE

1. 左上角打开编辑 - 首选项
2. 添加 IEEE 最新的引文（要保证是最新的）
3. 输入 IEEE 进行搜索
4. 双击第一个 IEEE，Zotero 会自动加载，关闭样式搜索界面。
5. 可以看到 IEEE 已经加载进来

2.2 设置引文样式

1. 点击首选项中的导出；
2. 设置条目格式为 IEEE；
3. 点击 OK，关闭 Zotero。

2.3 注意

IEEE 亦可设置成其他样式，但要保证 OB 中和 zotero 中一致，并且 Zotero 需要最新的引文样式。

3 Obsidian 设置

3.1 Obsidian 中创建文件夹

保证文件夹相对路径为以下形式：

• 文献笔记（是你自己的 OB 文献笔记文件夹）
  • Attachments：用来储存图片

3.2 PDF 工具下载

打开安装的 Zotero Interation 插件，找到插件选项

点击下载，用来提取 pdf 注释。要下载一会儿，可以先进行其他设置。

3.3 PDF Utility Path Override

不用管，暂时用不到此功能。

3.4 选择 Database，保持默认 -Zotero

3.5 设置笔记导入路径

从 Zotero 导出的文献笔记在 Obsidian 库中的存放路径

以我自己的文件夹为例

因此路径设置为 1-学习/1-文献阅读/，（注意最后的/必须要有）

3.6 设置导入后打开导入的文件

3.7 设置打开所有导入的文件

当导入多篇文献时，看自己喜好选择，是打开第一个，还是打开最后一个，还是全部打开。

3.8 设置引文格式

此功能插入一篇文献的引文

• Name: 是命令的名字，建议设置成方便记方便查找的名称；
• Output Format：是输出的格式；
• Citation Style：是引文格式，这里选 IEEE，与 Zotero 设置需相同 (应该选择第二个 IEEE)。

3.8.1 点击 Add Citation Format

3.9 导入文献笔记时的设置

1. 点击 Add Import Format，会自动生成一个；

1. 将其中的设置改为以下图片中的设置

• Name：此插件导入文献笔记的命令名称，建议设置成方便记方便查找的名称；

  a-My Import Zotero Note

• Output Path：导入文件的路径以及名称，采用 {{title}} ，意为以文献题目来命名笔记的名字；

  1- 学习/1- 文献阅读/ {{title}} .md

• Image Output Path：存放图片的文件夹（要有/）

  1- 学习/1- 文献阅读/attachments/

• Image Base Name：保持默认，是文献中图片拷贝过来的图片的基本名称，为了区别吗，会加上数字字母等符号；

  image

• Template File：模板文件，与 OB 模板文件相同，添加对应的模板文件

  输入对应的模板文件名称，如果没输入错，会跳出来

• Bilbiography Style：保证与 Zotero 设置相同，这里设置 IEEE，会跳出来两个，选择第二个。

  输入对应的引文样式名称，如果没有输入错，会跳出来

3.10 后续设置保持默认即可

图片格式以及 OCR 功能

3.11 至此，设置完成，可以关闭设置面板了

4 模板制作

4.1 条目信息

• 普通内容占位符{{……}}
• 针对该占位符包含多个独立内容，使用 loop.last 提取完整信息

{% for t in creators %}{{t.firstName}}{{t.lastName}}{{t.name}}{% if not loop.last %}, {% endif %}{% endfor %}

• 对于日期，默认导入形式为时间戳，需要使用 format() 进行转换

 {% if date %}{{date | format("YYYY-MM")}}{% endif %}

4.2 提取 PDF 注释

• 在 Annotation 内可找到每条注释的相关信息
• 基本语法

{% for annotation in annotations %}...do something...{% endfor %}

• 可以在 for 循环内添加 if……endif 语句进行判断，从而对不同格式的注释进行设置

{% for annotation in annotations %}
{% if annotation.color == '#a28ae5' %}## {{annotation.annotatedText}}{{annotation.comment}}{% endif %}
{% endfor %}

• 提取图片

{% for annotation in annotations %}
{% if annotation.color == '#a28ae5' %}## {{annotation.annotatedText}}{{annotation.comment}}{% endif %}
{% if annotation.imageBaseName %}![[{{annotation.imageBaseName}}]]{% endif %}
{% endfor %}

4.3 添加跳转链接

• 由于 data exploer 内没有跳转链接的信息，我们需要通过不同的数据来生成我们需要的链接

zotero 自带的导出 markdown 笔记会包含跳转链接，我们以此观察跳转链接的组成形式为 [文本](zotero://open-pdf/library/items/附件编号?页码&注释编号)

• 所以我们可以在数据中找到拥有类似信息的内容加以删减、组合

{% for annotation in annotations %}
{% if annotation.color == '#a28ae5' %}## {{annotation.annotatedText}}{{annotation.comment}}{% endif %}
{{pdfZoteroLink|replace("//select/", "//open-pdf/")|replace(")", "")}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endfor %}

• 或者采用（需 attachments 占位符内的第一个附件为注释的 PDF）：

{% for annotation in annotations %}
{% if annotation.color == '#a28ae5' %}## {{annotation.annotatedText}}{{annotation.comment}}{% endif %}
[随便写啥](zotero://open-pdf/library/items/{% for t in attachments %}{% if loop.first %}{{t.itemKey}}{% endif %}{% endfor %}?{{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endfor %}

4.4 模板的拆分与组装

• 你可以选择将条目信息与注释的模板进行拆分、排列组合，进一步拓展插件的使用情境

{% include "[[模板文件名]]" %}

• 通过 persist 可以实现分节的效果，使得多次导入同一条目时之前的信息不会被覆盖

## {{title}}

### Notes
{% persist "notes" %}
{% endpersist %}

• 也可以通过过滤器 filterby 仅导入自上次导入以来添加的批注

{% persist "annotations" %}
{% set newAnnotations = annotations | filterby("date", "dateafter", lastImportDate) %}
{% if newAnnotations.length > 0 %}

### Imported: {{importDate | format("YYYY-MM-DD h:mm a")}}

{% for a in newAnnotations %}
> {{a.annotatedText}}
{% endfor %}

{% endif %}
{% endpersist %}

4.5 如何设置注释编号

{% set i=1%}{% for annotation in annotations %}
### 第{{i}}个注释{% set i=i+1 %}{% endfor %}

4.6 最终模板

---
status: todo
weight: 1
field: 
date: {% if date %}{{date | format("YYYY-MM")}}{% endif %}
DOI: {% if DOI %}{{DOI}}{% endif %}
tags: 
- {{allTags}}
- 文献笔记
authors: {% for t in creators %}{{t.firstName}}{{t.lastName}}{{t.name}}{% if not loop.last %}, {% endif %}{% endfor %}
期刊: {% if journalAbbreviation %}{{journalAbbreviation}}{% endif %}
languages: {{language}}
类别: {{itemType}} {{thesisType}}
期刊: {{publicationTitle}} {{university}}
---

# 论文信息
**title:** {{title}}
**DOI:** {{DOI}}
**tags:** {{allTags}}
**level:** {% if archive %}{{archive}}{% endif %} {% if archiveLocation%}{{archiveLocation}}{% endif %}
**IF:** {% if callNuimber %}{{callNuimber}}{% endif %}
**期刊:** {{publicationTitle}} {{university}}
**类别:** {{itemType}} {{thesisType}}

## abstract: 
{{abstractNote}}

## Files and Links
- **Url**: [Open online]({{url}})
- **zotero entry**: {{pdfZoteroLink}}
- **open pdf**: [zotero]({{select}})

# 概要

# 研究对象

# 背景

# 方法

# 结论

# 标注
## 黄色
{% set i=1%}{% for annotation in annotations %}{% if annotation.color == '#ffd400' %}
### 第{{i}}个注释{% set i=i+1 %}
#### 文本:
{{annotation.annotatedText}}
#### 评论:
{{annotation.comment}}{% if annotation.imageBaseName %}
![[{{annotation.imageBaseName}}]]{% endif %}

#### zotero位置:
{{pdfZoteroLink|replace("//select/", "//open-pdf/")|replace(")", "")}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endif %}

{% endfor %}

## 红色

{% set i=1%}{% for annotation in annotations %}{% if annotation.color == '#ff6666' %}
### 第{{i}}个注释{% set i=i+1 %}
#### 文本:
{{annotation.annotatedText}}
#### 评论: 
{{annotation.comment}}{% if annotation.imageBaseName %}
![[{{annotation.imageBaseName}}]]{% endif %}
#### zotero位置:
{{pdfZoteroLink|replace("//select/", "//open-pdf/")|replace(")", "")}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endif %}

{% endfor %}

## 绿色

{% set i=1%}{% for annotation in annotations %}{% if annotation.color == '#5fb236' %}
### 第{{i}}个注释{% set i=i+1 %}
#### 文本:
{{annotation.annotatedText}}
#### 评论: 
{{annotation.comment}}{% if annotation.imageBaseName %}
![[{{annotation.imageBaseName}}]]{% endif %}
#### zotero位置:
{{pdfZoteroLink|replace("//select/", "//open-pdf/")|replace(")", "")}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endif %}

{% endfor %}

## 蓝色

{% set i=1%}{% for annotation in annotations %}{% if annotation.color == '#2ea8e5' %}
### 第{{i}}个注释{% set i=i+1 %}
#### 文本:
{{annotation.annotatedText}}
#### 评论: 
{{annotation.comment}}{% if annotation.imageBaseName %}
![[{{annotation.imageBaseName}}]]{% endif %}
#### zotero位置:
{{pdfZoteroLink|replace("//select/", "//open-pdf/")|replace(")", "")}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endif %}

{% endfor %}

## 紫色

{% set i=1%}{% for annotation in annotations %}{% if annotation.color == '#a28ae5' %}
### 第{{i}}个注释{% set i=i+1 %}
#### 文本:
{{annotation.annotatedText}}
#### 评论: 
{{annotation.comment}}{% if annotation.imageBaseName %}
![[{{annotation.imageBaseName}}]]{% endif %}
#### zotero位置:
{{pdfZoteroLink|replace("//select/", "//open-pdf/")|replace(")", "")}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endif %}

{% endfor %}

## 洋红色

{% set i=1%}{% for annotation in annotations %}{% if annotation.color == '#e56eee' %}
### 第{{i}}个注释{% set i=i+1 %}
#### 文本:
{{annotation.annotatedText}}
#### 评论: 
{{annotation.comment}}{% if annotation.imageBaseName %}
![[{{annotation.imageBaseName}}]]{% endif %}
#### zotero位置:
{{pdfZoteroLink|replace("//select/", "//open-pdf/")|replace(")", "")}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endif %}

{% endfor %}

## 橘色

{% set i=1%}{% for annotation in annotations %}{% if annotation.color == '#f19837' %}
### 第{{i}}个注释{% set i=i+1 %}
#### 文本:
{{annotation.annotatedText}}
#### 评论: 
{{annotation.comment}}{% if annotation.imageBaseName %}
![[{{annotation.imageBaseName}}]]{% endif %}
#### zotero位置:
{{pdfZoteroLink|replace("//select/", "//open-pdf/")|replace(")", "")}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endif %}

{% endfor %}

## 灰色

{% set i=1%}{% for annotation in annotations %}{% if annotation.color == '#aaaaaa' %}
### 第{{i}}个注释{% set i=i+1 %}
#### 文本:
{{annotation.annotatedText}}
#### 评论: 
{{annotation.comment}}{% if annotation.imageBaseName %}
![[{{annotation.imageBaseName}}]]{% endif %}
#### zotero位置:
{{pdfZoteroLink|replace("//select/", "//open-pdf/")|replace(")", "")}}?page={{annotation.page}}&annotation={{annotation.id}})
{% endif %}

{% endfor %}

# 导入记录
{% persist "annotations" %}
{% set newAnnotations = annotations | filterby("date", "dateafter", lastImportDate) %}
{% if newAnnotations.length > 0 %}

## Imported: {{importDate | format("YYYY-MM-DD h:mm a")}}

{% for a in newAnnotations %}
> {{a.annotatedText}}
{% endfor %}

{% endif %}
{% endpersist %}

5 如何使用

注意要保证 zotero 在运行

5.1 插入引文

1. 把光标放在需要插入引文的地方；
2. 按下 Ctrl+P，打开命令界面；
3. 输入 Cite（设置的引文命令名），会自动按名称筛选命令（Cite 是自己设置的命令名字，按自己喜好自定义即可）；
4. 按住 Enter回车 或者 鼠标左键点击，会出现以下界面，告诉它在等待从 zotero 选择哪一个条目:
5. 此时切换到 zotero 界面，将鼠标放在任务栏的 zotero 上面，会发现多出来一个界面，快速格式化界面，切换到快速格式化界面
6. 输入文献的标题，会进行搜索
7. 第二种方法，点击左侧的 Z，选择经典视图
8. 找到需要导入的文献，选中文献，点击 OK
9. 回到 OB 界面，会发现多了一条引文。

5.2 激动人心的时候到了，导入文献笔记

此功能与上一个功能类似

1. 按下 Ctrl+P，打开命令界面；
2. 输入 a-My Import Zotero Note 进行查找命令（这是自己设置的命令名字，按自己喜好自定义即可）；
3. 按住 Enter回车 或者 鼠标左键点击，会出现以下界面，告诉它在等待从 zotero 选择哪一个条目:
4. 此时切换到 zotero 界面，将鼠标放在任务栏的 zotero 上面，会发现多出来一个界面，快速格式化界面，切换到快速格式化界面
5. 输入文献的标题，会进行搜索
6. 第二种方法，点击左侧的 Z，选择经典视图
7. 找到需要导入的文献，选中文献，点击 OK
8. 此时看到 OB 中打开导入的文献笔记

5.3 模板使用

5.3.1 标注

1. 黄色、红色、绿色、蓝色、紫色、洋红色、橘色、灰色分好类别，将模板中对应的标题改掉。比如如果黄色标注是普通注释，将模板中的 ## 黄色 改为 普通注释。
2. 
3. 如果只使用三种颜色，把模板中关于其他部分的命令删除即可。

6 参考链接

感谢路子十一 UP 主

1. 参考链接1
2. 参考链接2
3. 参考链接3

7 注意

模板中某些条目信息基于我自己的 zotero 条目信息存放路径，每个人各不相同，应适当调整。