Obsidian 插件:Chemical Structure Renderer

Obsidian 插件:Chemical Structure Renderer

插件名片

  • 插件名称:Chemical Structure Renderer
  • 插件作者:xaya1001
  • 插件说明:使用 Ketcher 和 Indigo Service 将 SMILES 字符串渲染为 PNG 或 SVG 格式的化学结构。
  • 插件分类:[‘obsidian 插件 ’, ‘readme’]
  • 项目地址:点我访问
  • 国内下载地址:下载安装

概述

使用 Ketcher 和 Indigo Service 将 SMILES 字符串渲染为 PNG 或 SVG 格式的化学结构。

原文出处

下面自述文件的来源于 Readme


Readme(翻译)

下面是 chemical-structure-renderer 插件的自述翻译

Obsidian 的化学结构渲染插件

这个插件由 KetcherIndigo 提供支持,并受到 Obsidian-Chem 的启发,可以在 Obsidian 笔记中直接可视化化学结构。同时,特别感谢 OpenAI 的 GPT-4 对这个项目的贡献。

功能

该插件允许您在笔记中使用 SMILES 符号表示化合物。只需在标记为 ‘smiles’ 的代码块中写入 SMILES 字符串,插件将在实时预览模式下呈现化学结构的可视化表示。

使用方法

  1. 在 Obsidian 中安装插件。(尚未完成,仍在进行中)
  2. 在你的 Markdown 笔记中,创建一个新的代码块。
  3. 为代码块添加 ‘tag’ 标签。
  4. 在代码块内,写下你想要可视化的化学化合物的 SMILES 字符串。

示例:

```smiles
OC1=CC=C(CC2N(CCC3=CC(OC)=C(C(OC4=CC5=C(C=C4OC)CCN(C)C5C6)=C23)OC)C)C=C1OC7=CC=C6C=C7
```

```smiles
COC1=CC=CC(C(SC)=O)=C1>>COC2=CC=CC(C([H])=O)=C2
COC1=CC=CC(C(O)=O)=C1.OC>>COC2=CC=CC(C(OC)=O)=C2
```

5. 切换到实时预览模式或阅读模式以查看结构。

Obsidian 的化学结构渲染插件--使用方法


Obsidian 的化学结构渲染插件--使用方法

兼容性注意事项

由于功能重叠,请注意此插件可能与 Obsidian-Chem 插件发生冲突,因为两个插件都会转换 ‘smiles’ 代码块。因此,我们建议不要同时启用这两个插件,以避免任何潜在问题。

设置

在插件设置中,您可以指定渲染图像的宽度和格式,以及用于渲染的服务器地址。

渲染服务

在设置中,“server”字段设置为由 epam 托管的 ketcher + indigo 服务。

server: https://lifescience.opensource.epam.com

ketcher 演示页面:https://lifescience.opensource.epam.com/KetcherDemoSA/index.html

如果您对隐私有顾虑并希望切换到自己的服务,您可以按照下面链接中的教程设置一个服务。一旦您设置好了自己的服务,您可以将“server”字段更改为您自己的域名 URL。

教程链接:进行中

官方文档可在以下链接找到:https://lifescience.opensource.epam.com/indigo/service/index.htmlhttps://github.com/epam/ketcher/blob/master/DEVNOTES.md#simple-server

许可证

该插件使用 MIT许可证 进行许可。

致谢

KetcherIndigo 是由 EPAM 开发的。

感谢 EPAM 对化学信息学领域的开源贡献,使得这个插件得以实现。

EPAM 的主页:https://lifescience.opensource.epam.com/index.html

非常感谢 Obsidian-Chem

支持

对于与此插件相关的任何问题或建议,请在 GitHub 存储库中打开一个问题。



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其他渠道

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