Obsidian 插件：Chem

概述

提供化学支持。将 SMILES 字符串转化为化学结构。

Readme(翻译）

下面是 chem 插件的自述翻译

Obsidian Chem

简体中文 | English

Chem 是一个为 Obsidian.md 提供化学支持的插件。它允许您通过包含 SMILES 字符串的代码块（由 Smiles Drawer 提供支持）将化学结构插入到您的笔记中。

功能和使用

将 SMILES 字符串渲染为化学结构

您可以使用此插件将 SMILES 字符串渲染为化学结构。只需在代码块中输入 SMILES 字符串，并将语言设置为 smiles。每行应该只包含一个字符串。

数据以纯文本形式存储，因此您不会丢失它。即使插件更改其 cheminfo 核心，渲染器仍将正常工作。

您可以调整图像大小，并在插件的设置页面中配置分子图片的浅色主题和深色主题。

SMILES 是 Simplified Molecular-Input Line-Entry System 的缩写。它是一种使用线性 ASCII 字符串描述化学结构的规范。您可以从 官方网站 或 Wikipedia 了解更多信息。

为什么使用 SMILES？

使用 SMILES 字符串来表示分子比使用 LaTeX 包（如 mhchem 和 chemfig）更容易，并且得到了更广泛的化学绘图工具的支持。

如何生成 SMILES 字符串？

对于简单的结构，您可以手动输入。然而，对于更复杂的结构，您可能希望使用结构编辑器，如 ChemDraw，ChemDrawJS，MarvinJS 和 Ketcher。此外，您还可以使用转换器，如 Open Bable，JOELib 和 Chemical Translation Service，将化学名称、CAS 号和 *.mol 文件转换为 SMILES 字符串。

安装

该插件可以在官方插件市场中找到。你可以进入 设置 → 社区插件 → 浏览，然后搜索 Chem 插件，作者是 Acylation。安装完成后，你需要启用该插件才能使用。

你也可以按照以下步骤手动安装插件。

1. 前往该插件的最新 发布页面，下载 main.js、style.css 和 manifest.json 这三个文件。或者你也可以下载最新的 zip 文件，然后解压得到这三个文件。
2. 将这些文件复制到你的本地路径 [yourvault]/.obsidian/plugins/obsidian-chem/。你可能需要自己创建 obsidian-chem 文件夹。
3. 启动/重启 Obsidian，或者刷新插件列表，你将会看到这个插件。
4. 在插件列表中，启用 Chem 并享受使用吧！

插件范围

我对这个插件有很多想法，但我的编码技能和资源有限。我希望它能对任何需要在化学上做笔记的人有用（比如研究记录、有机化学 anki 卡片等）。以下是我考虑中的一些功能的示例。

• 显示化学式和结构。
• 从剪贴板、.cdxml 文件等导入结构。
• 在结构旁边添加化学信息（如精确质量）。这对于质谱用户和化学初学者很有帮助。
• 支持像.mol 文件一样的内部坐标。在计算化学中很有用。
• LaTeX 中物理化学公式的快捷方式。
• …

我很想听听您的反馈和建议。实际上，插件的第一个功能，渲染 SMILES 字符串，是由社区用户提出的！我非常感谢他们的贡献。（有关详细信息，请参见 致谢 部分）

设计理念

在开发新功能之前，我会考虑以下几个标准。该功能至少应满足其中一个标准才能有用。

• 它有助于记录化学研究的笔记，如实验记录、文献笔记、论文写作等。
• 它促进了与其他化学工具良好集成的工作流程。
• 它有助于学习化学和相关学科。

作为一个 Obsidian 插件，该项目遵循以下原则：

• 本地化：数据应保持本地化，优先使用独立的包而非远程服务。
• 不留痕迹：插件不能在笔记中留下插件特定的内容，以便与非 Obsidian 用户共享。
• 纯文本为中心：优先使用纯文本而非复杂格式。

贡献

感谢您对本项目的贡献兴趣！我们欢迎任何人提供错误报告、功能请求和拉取请求。

如何报告错误或建议新功能

• 请使用 问题跟踪器 报告任何问题或建议新功能。
• 在创建新问题之前，请搜索现有问题以避免重复。
• 创建新问题时，请按照模板提供必要的信息。
• 您还可以通过添加👍反应来投票支持现有问题。

如何提交拉取请求

• 如果您想贡献代码，请先 fork 该代码库并为您的工作创建一个新的分支。
• 如果您是插件开发的初学者，您可以查看官方的 开发者文档。
• 请在拉取请求的标题和正文中包含清晰简明的更改描述。
• 请在拉取请求的正文中使用类似 fixes #123 或 closes #456 的关键词引用任何相关的问题。
• 请在合并您的拉取请求之前等待审核。

如何获取帮助

• 如果您有任何问题或需要帮助使用或开发这个项目，请加入我们的 讨论区。

感谢您参与这个项目！🙌

路线图

查看 路线图 以了解正在进行的工作。

致谢

该插件依赖于 Smiles Drawer 作为解析和绘制核心，并使用 Mathpix 作为集成该包的示例。非常感谢！

在整个开发过程中，我发现 开发者文档 非常有帮助。非常感谢 @marcusolsson 领导这个项目！

该插件的动机来自论坛对在 Obsidian 中包含化学结构的请求。感谢您激发了讨论和伟大的想法！

• https://forum.obsidian.md/t/smiles-in-obsidian/35974
• https://forum.obsidian.md/t/structural-formulas-for-chemistry/29366
• https://forum.obsidian.md/t/chemistry-formulas-in-obsidian/25772
• https://forum.obsidian.md/t/obsidian-for-chemistry/33491
• https://forum.obsidian.md/t/how-to-write-chemical-formulas/12249